Музею "Дети войны" было присвоено звание школьного музея в 1989 году. Экспозиция музея состоит из нескольких разделов: «Воспоминания детей о 22 июня 1941 года», «Эвакуация детей», «Уголок школьника», «Дети на трудовом фронте», «Дети и блокада Ленинграда», «Юнги Северного фронта» и другие. В музее были открыты новые экспозиции « Малолетние узники-жители Кукковки», «Вещи ушедшего века». Центральное место музея – фотоэкспозиция «Дети в лагерях оккупированного Петрозаводска». Экспозиция создана на основе фотоснимков Галины Санько, корреспондента «Огонька», в 1944 году впервые часы в освобожденном Петрозаводске. Эти снимки обошли весь мир, а многие из изображенных на них детей побывали в школьном музее. Прежде всего – это Клавдия Александровна Нюппиева, председатель общественной организации «Карельский союз бывших малолетних узников фашистских концлагерей», которая поддерживает с музеем тесную связь. Большую помощь музею оказывают также члены общественной организации «Жители блокадного Ленинграда».

Музей ведет большую работу и служит благородному делу воспитания детей. Экскурсии проводят сами ребята. Совет Музея ведет активную поисковую работу и занимается исследовательской деятельностью. В 2009-2010 учебном году в городской научно-практической конференции « Будущее Петрозаводска» работа «Дети блокадного Ленинграда» Бурлаковой Валерии 8б класс заняла 1 место. В городской научно-практической конференции « Человек в истории XX века» работа « Два взгляда на финскую оккупацию Петрозаводска» Журавлевой Анны , Марковского Павла 8 Б кл признана лучшей исследовательской работой. К 65-летию освобождения Карелии от финской оккупации , 65-летию победы в Великой Отечественной войне, 20-летию музея лицей стал организатором проведения первых городских школьных чтений «Хроника военных лет». В чтениях приняло участие 9 школ города, 21 докладчик.

В музее проходят конференции, уроки истории, литературы, музыки, встречи с ветеранами, детьми войны, писателями, историками. Книга посетителей музея насчитывает отзывы представителей нескольких десятков стран. Одна американская учительница написала: «Я, наконец, поняла, что такое война!»

По инициативе музея учащиеся лицея взяли шефство над памятным местом концлагеря №6, проводятся субботники по уборке территории памятного места и высаживаются цветы.
Статья о II городских чтениях «Хроника военных лет» в Интернет-журнале «Лицей»